基于频率的Read Mapping种子选择算法

来源期刊：东北大学学报(自然科学版)2019年第5期

论文作者：马海涛 祁实 于长永 赵宇海

文章页码：609 - 613

关键词：种子频率;读取映射;平均种子;频率合并;最优种子;

摘    要：选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改善现有映射工具的性能.实验对比了平均种子选择方法和当前最优的种子选择策略(OSS,optimal seed solver),结果显示FMSS算法能够用很少的时间代价给出接近OSS的最优种子集合,这表明FMSS算法可集成到现有映射工具中用于处理更大规模的read mapping问题.