不同16S rDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性
来源期刊：东北大学学报(自然科学版)2014年第7期
论文作者：蒋绍妍 王文星 薛向欣 杨寿浩
文章页码：1033 - 1038
关键词：油页岩;16S rDNA;PCR-DGGE;细菌多样性;靶序列;
摘 要：为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16S rDNA V6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响（P<0.001）;与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.
蒋绍妍1，王文星1,2，薛向欣1，杨寿浩2
1. 东北大学材料与冶金学院2. 东北大学生命科学与健康学院
摘 要：为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16S rDNA V6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响（P<0.001）;与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.
关键词：油页岩;16S rDNA;PCR-DGGE;细菌多样性;靶序列;
